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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
02/12/2010 |
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Data da última atualização: |
15/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
REIS, O.; COSTA, G. G. L.; HERAI, R. H.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G. |
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Afiliação: |
LGE/UNICAMP; LGE/UNICAMP; LGE/UNICAMP, LBA/CNPTIA; LGE, CENAPAD/UNICAMP; LGE/UNICAMP. |
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Título: |
RNA-seq: the need for biological replicates. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. |
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Páginas: |
p. 194. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
AB3C X-meeting 2010. |
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Conteúdo: |
RNA-seq provides a way to analyze entire transcriptomes with deep coverage and base level resolution and it is gradually replacing microarrays for gene expression analyses. In the past few years, many statistical methods have been developed to improve the detection of differentially expressed genes from RNA-seq. However the replacing of microarrays by RNA-seq has been often accompanied by decline in experimental design quality, as many groups working with RNA-seq are not using biological replicates. For any statistical inference it is necessary replication, for example, if you ?nd a couple of genes that are upregulated in the treatment in comparison to the value in control, without replication you can not know if that is effect of random variability or an actual effect of the treatment. Furthermore, without biological replicates it is too dif?cult to estimate the sample variation. The authors of EdgeR and DESeq propose a similar method to work without replicates. They propose an approach to infer an upper limit for the sample variance that uses both treatment and control as they were biological replicates. If it is expected that the most genes are not differently regulated, the calculated sample variance should be close to real sample variance. In this work, we evaluate the effect of working with and without biological replicates on the list of differentially expressed genes obtained. We show that the use of proper biological replicates is important to get good sensitivity to detect differentially expressed genes, showing that the replacement of microarrays by RNA-seq does not justify the use of an inferior experimental design. MenosRNA-seq provides a way to analyze entire transcriptomes with deep coverage and base level resolution and it is gradually replacing microarrays for gene expression analyses. In the past few years, many statistical methods have been developed to improve the detection of differentially expressed genes from RNA-seq. However the replacing of microarrays by RNA-seq has been often accompanied by decline in experimental design quality, as many groups working with RNA-seq are not using biological replicates. For any statistical inference it is necessary replication, for example, if you ?nd a couple of genes that are upregulated in the treatment in comparison to the value in control, without replication you can not know if that is effect of random variability or an actual effect of the treatment. Furthermore, without biological replicates it is too dif?cult to estimate the sample variation. The authors of EdgeR and DESeq propose a similar method to work without replicates. They propose an approach to infer an upper limit for the sample variance that uses both treatment and control as they were biological replicates. If it is expected that the most genes are not differently regulated, the calculated sample variance should be close to real sample variance. In this work, we evaluate the effect of working with and without biological replicates on the list of differentially expressed genes obtained. We show that the use of proper biological replicates is important to get good sensitivity t... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Repetições biológicas; RNA sequences; Sequências de RNA. |
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Thesaurus Nal: |
Sequence analysis. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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520 $aRNA-seq provides a way to analyze entire transcriptomes with deep coverage and base level resolution and it is gradually replacing microarrays for gene expression analyses. In the past few years, many statistical methods have been developed to improve the detection of differentially expressed genes from RNA-seq. However the replacing of microarrays by RNA-seq has been often accompanied by decline in experimental design quality, as many groups working with RNA-seq are not using biological replicates. For any statistical inference it is necessary replication, for example, if you ?nd a couple of genes that are upregulated in the treatment in comparison to the value in control, without replication you can not know if that is effect of random variability or an actual effect of the treatment. Furthermore, without biological replicates it is too dif?cult to estimate the sample variation. The authors of EdgeR and DESeq propose a similar method to work without replicates. They propose an approach to infer an upper limit for the sample variance that uses both treatment and control as they were biological replicates. If it is expected that the most genes are not differently regulated, the calculated sample variance should be close to real sample variance. In this work, we evaluate the effect of working with and without biological replicates on the list of differentially expressed genes obtained. We show that the use of proper biological replicates is important to get good sensitivity to detect differentially expressed genes, showing that the replacement of microarrays by RNA-seq does not justify the use of an inferior experimental design.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| Registros recuperados : 68 | |
| 1. |  | PEREIRA, G. A.; MARCÍLIO, H. de C.; GASPAROTTO, L.; PETERS, V.; SANTOS, C. C. dos. Avaliação da bananeira cultivar BRS Conquista em Cáceres-MT. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 20.; ANNUAL MEETING OF THE INTERAMERICAN SOCIETY FOR TROPICAL HORTICULTURE, 54., 2008, Vitória. Frutas para todos: estratégias, tecnologias e visão sustentável. Vitória: Sociedade Brasileira de Fruticultura, 2008. 1 DVD.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 2. | | LOURENÇO, R. T.; CUNHA, A. F.; TSUKUMO, F.; PEREIRA, G. A. G.; GRATTAPAGLIA, D. Análise da composição e organização do genoma de Eucalyptus grandis com base em sequenciamento "shotgun" por amostragem ("sample sequencing"). In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 7., 2002, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2002. p. 30.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 3. | | MARCÍLIO, H. C.; PEREIRA, G. A.; SOUZA, N. S.; SANTOS, C. C.; GASPAROTTO, L. Reação de nove cultivares de bananeiras à sigatoka-negra, em Rosário Oeste-MT. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 19., 2006, Cabo Frio. Frutas do Brasil: saúde para o mundo: palestras e resumos. Cabo Frio : SBF; UENF; UFRRJ, 2006. p. 232.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 4. | | PEREIRA, G. A.; MIRANDA, A. R.; PADILHA, L. S.; MUNDIM, R. C.; ALVES, R. B. N. Conservação Ex situ de variedades tradicionais de milho indígena. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 5., 2000, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2000. p. 60.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 6. | | BATISTA, A. R. S.; LOURENÇO, R. T.; PEREIRA, G. A. G.; GRATTAPAGLIA, D. Novos microssatélltes para eucalyptus a partir de clones "shotgun". ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENETICOS E BIOTECNOLOGIA, 8., 2003, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2003. p. 79| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 8. | | ANDRADE, A. C.; VIEIRA, L. G. E.; COLOMBO, C. A.; PEREIRA, G. A. G. Coffee functional genomics in Brazil. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 21., 2006, Montpellier, France. Table of contents... Montpellier, France: Association for Science and Information on Coffee, 2006.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 9. | | ANDRADE, A. C.; VIEIRA, L. G. E.; COLOMBO, C. A.; PEREIRA, G. A. G. Coffee functional genomics in Brazil. INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 21., 2006, Montpellier, France. Table of contents... Montpellier, France: Association for Science and Information on Coffee, 2006.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 10. | | LOURENÇO, R. T.; PAPPAS, G. J.; CUNHA, A. F.; PEREIRA, G. A. G.; GRATTAPAGLIA, D. Estrutura genômica de três megabases de dna genômico "shotgun" de eucalyptus: conteúdo nucleotídico, seouências repetitivas e genes. ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENETICOS E BIOTECNOLOGIA, 8., 2003, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2003. p. 74| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 12. | | ALMEIDA, V. M. de; PEREIRA, H. S.; MELO, L. C.; SANTAELLA, M. B.; PEREIRA, G. A.; PEREZ VILLAR, M. L. Avaliação do escurecimento de grãos de linhagens de feijoeiro-comum, no Estado de Mato Grosso. In: CONGRESSO NACIONAL DE PESQUISA DE FEIJÃO, 11., 2014, Londrina. Tecnologias para a sustentabilidade da cultura do feijão: anais. Londrina: IAPAR, 2014. CONAFE| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 13. | | FERRARI, S.; FURLANI JUNIOR, E.; ROSA, C. E.; PEREIRA, G. A.; LUQUES, A. P. P.; FERRARI, J. V.; ALVES, E. Espécies de plantas de cobertura e doses de N em pré-semeadura sobre a física do solo e desenvolvimento de algodoeiro cultivado no Cerrado. IN: CONGRESSO BRASILEIRO DO ALGODÃO, 8.; COTTON EXPO, 1., 2011, São Paulo. Evolução da cadeia para construção de um setor forte: Anais. Campina Grande, PB: Embrapa Algodão, 2011. p.689-694| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 14. | | IVAMOTO, S. T.; REIS JUNIOR, O.; SAKURAY, L. M.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; PEREIRA, L. F. P. Transcriptome analysis in leaves, flowers and initial fruit development of Coffea arabica L. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE INTERNATIONAL, 23., 2015, San Diego, CA. Poster..., 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 15. | | NASCIMENTO, L. C. do; COSTA, G. G. L.; BINNECK, E.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F. A web-based bioinformatics interface applied to the GENOSOJA Project: databases and pipelines. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 35, n. 1, suppl., p. 203-211, May 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 16. | | PERAZZO, A. F.; CARVALHO, G. G. P.; SANTOS, E. M.; BEZERRA, H. F. C.; SILVA, T. C.; PEREIRA, G. A.; RAMOS, R. C. S.; RODRIGUES, J. A. S. Agronomic evaluation of sorghum hybrids for silage production cultivated in semiarid conditions. Frontiers in Plant Science, v. 8. p. 1-8, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 17. | | VIDAL, R.; FERREIRA, L. P.; LANNES, S. D.; VIEIRA, L. G. E.; MONDEGO, J.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A.; POT, D.; PEREIRA, L. F. P. Analise in silico e in vivo da diversidade nucleotidica em Coffea ssp. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Resumos expandidos. Brasília, DF: Embrapa Café.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 18. | | SALAZAR, M. S.; CAMARGO, E. L. O.; DECKMANN, A. C.; CARAZZOLLE, M. F.; LEPIKSON NETO, J.; MEDRANO, F. J.; GRATTAPAGLIA, D.; PEREIRA, G. A. G. Análise do genoma de espécies de eucalipto visando a identificação de genes/metabolismos chave para o incremento da sua produtividade para orientar o seu melhoramento. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 54., 2008, Salvador. Resumos... Salvador: SBG, 2008. p. 240. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 19. | | FERRARI, S.; FURLANI JUNIOR, E.; FERRARI, J. V.; SANTOS, D. M. A. dos; PEREIRA, G. A.; ROSA, C. E.; SOUZA, W. J. O. de. Análise química do solo e produtividade do algodoeiro em resposta a doses de nitrogênio e plantas de cobertura no período de inverno. IN: CONGRESSO BRASILEIRO DO ALGODÃO, 8.; COTTON EXPO, 1., 2011, São Paulo. Evolução da cadeia para construção de um setor forte: Anais. Campina Grande, PB: Embrapa Algodão, 2011. p.593-598| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 20. | | AGUIAR, A. C. de; PEREIRA, G. A.; RIBEIRO, C. S. da C.; EBERLIN, M. N.; SOARES, L. P.; RUIZ, A. L. T. G.; PASTORE, G. M.; MARTINEZ, J. Capsicum chinense var. BRS Moema: chemical characterization by HPLC-ESI-MS/MS and antiproliferative screening. Food & Function, v. 14, 2023. e6432.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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